作为国家高新技术企业,江淮园艺建立了国内一个涵盖北方半干旱气候、中部亚热带季风气候及南方热带湿润气候的1100余亩的育种科研基地，并配有种质资源库、分子育种实验室、病毒检测实验室、质量检验实验室、组织培养试验室等现代化育种设施设备，保证科研产品的覆盖面。

江淮园艺长丰国家瓜菜育种研究创新基地(合肥育种基地)位于长丰县吴山镇，是公司核心科研基地，占地面积496亩。主要发挥品种研发、种苗培育、示范推广、技术培训、交流合作、产业辐射等方面功能。该基地现已建成国内蔬菜行业企业建设的种质资源库(中期库)，也是国内开展所有蔬菜品系室内分子纯度鉴定的企业基地。

江淮园艺南繁科研基地(湛江基地)占地面积302亩, 主要利用南方热带气候资源进行材料加代繁殖及新组合的加代比较与鉴定，同时进行华南、西南以及东盟、南亚地区资源的搜集与筛选，并针对我国南方地区及东盟、南亚国家瓜菜市场需求特点进行种质创新及品种选育工作。

江淮园艺北方科研基地(酒泉基地)占地面积238亩，主要利用北方干旱气候特点进行耐干旱种质资源研究与品种试验，并针对西北、东北以及西亚地区进行种质资源的搜集与筛选,同时开展区域试验、亲本繁殖以及三系配套育种研究工作。

江淮生物科技有限公司（哥斯达黎加）农业自由贸易区占地面积1.7公顷，分公司JH BIOTECH DEVELOPMENT建筑面积680平方米，是目前哥斯达黎加尼科亚半岛地区集瓜菜作物组织培养、病虫害及农残检测、集约化育苗、纯度检测为一体的多元化研究中心，同时也是中国企业在美洲建立的农业自由贸易区。